طراحی و بهینه سازی تست pcr برای تشخیص سریع پاتوتایپ های انترواگریگیتیو و انتروتوکسی ژنیک اشرشیاکلی

زمینه و هدف: اشرشیاکلی به عنوان یکی از مهم ترین عوامل ایجادکننده بیماری اسهالی حاد در دنیا مطرح است. بیماری های اسهالی یکی از علل اصلی مرگ و میر در میان کودکان کشورهای درحال توسعه می باشند. این مطالعه با هدف توسعه تکنیک pcr برای تشخیص اختصاصی ژن های ویرولانس پاتوتایپ های انترتوکسی ژنیک اشرشیاکلی (etec) و انترواگریگیتیو و اشرشیاکلی (eaec) انجام شد. روش بررسی: در این مطالعه برای تشخیص پاتوتایپ ها etec-eaec، از ژن های اختصاصی st و lt (برای تشخیص پاتوتایپ etec) و از ژن اختصاصی aafii (برای شناسایی پاتوتایپ eaec) استفاده شد. این تکنیک pcr برای این سه ژن طراحی و بهینه گردید. محصولات واکنش برای هریک از این ژن ها، در وکتور ptz57r/t به عنوان کنترل مثبت، کلون و مورد استفاده قرار گرفت. میزان حساسیت پرایمر ها با محاسبه کمترین میزان تشخیص (limit of detection) و استفاده از ژنوم سایر باکتری ها به عنوان بررسی اختصاصیت پرایمر ها ارزیابی شد. یافته ها: با توجه به نتایج آنالیز محصولات pcr بر روی ژل الکتروفورز باند های مورد نظر برای ژن aafii، lt و st به ترتیب 384 ، 459 و 150 جفت باز به دست آمد. همچنین واکنش ژنوم باکتری های کنترل با پرایمر های طراحی شده، منفی بود. حد تشخیص براساس تعداد کپی برای ژن های st، lt و aafii به ترتیب برابر 390 ، 1500 و 2500 کپی به دست آمد. نتیجه گیری: با توجه به نتایج این مطالعه، طراحی این گونه تست ها در ایران به عنوان یک پیشرفت در زمینه بهبود تشخیص سریع و دقیق پاتوژن ها و تفکیک در نوع پاتوتایپ های اشرشیاکلی می باشد.